Учёные ФГБНУ ФИЦ ВИЖ им. Л.К. Эрнста провели сравнительный популяционно-генетический анализ генофондной красной горбатовской породы. На основе SNP-маркеров они подтвердили аллельную специфичность породы и её отличие от других красных пород России и Европы.
Ценность красных пород
Красные молочные породы — красная степная, красно-пёстрая и красная горбатовская — представляют собой ценное генетическое наследие. Красный горбатовский скот отличается высокой жирно- и белковомолочностью, повышенным выходом сухих веществ молока и устойчивостью к возбудителям лейкоза, туберкулёза и бруцеллёза. Красно-пёстрая порода превосходит симментальскую по удою на 1500 кг молока. Красная степная хорошо переносит жару и засухи, обладает крепким иммунитетом и долголетием.
Однако по удою эти породы уступают голштинской и чёрно-пёстрой. Ускорение генетического улучшения и сохранение ценного аллелофонда с помощью геномных методов считаются перспективной стратегией для их долгосрочного будущего. Родство между красными породами определяет выгоду объединения их в единую референтную популяцию для общей селекционной программы.
Материалы и методы
Исследование провели на стаде генофондного хозяйства ООО «Абабковское» (Нижегородская область, 2023–2024 годы). С использованием биочипа Illumina 50K v3 прогенотипированы 129 коров красной горбатовской породы. Среднее качество генотипирования составило 99,3% при вариации от 95,2 до 99,8%. В сравнительный анализ включены красный белорусский скот (n=20), голштинская чёрно-пёстрая (n=17) и красно-пёстрая (n=4) масти, красная датская (n=6), красная степная (n=29) и суксунская (n=7) породы. Для оценки гаплотипического разнообразия дополнительно использованы бестужевская (n=27) и бурая швицкая (n=20) породы, для анализа неравновесия по сцеплению — белоголовая украинская (n=11).
Для поиска следов селекции применялись расчёт значений Fst, оценка островков гомозиготности (ROH) и анализ гаплотипов с помощью программы hapFLK. Приоритет отдавался областям, обнаруженным как минимум двумя методами. Обработку вели в программе Plink 1.9 и среде RStudio.
Результаты анализа
Анализ адмиксии показал, что при коэффициенте подобия K=2 красная горбатовская порода в наибольшей степени отличается от красного белорусского скота, голштинских животных и красной датской, но схожа с красной степной и суксунской. При K=4 наблюдается наибольшая однородность группы, при K=6–10 — фрагментация, что указывает на использование красной датской, голштинской и отчасти англерской пород для улучшения. Популяция красной горбатовской породы отличается как от красных пород Западной и Северной Европы, так и от отечественных локальных популяций.
Наибольшая частота кластеров гаплотипов локализована на хромосомах 6 и 7 КРС. При сравнении российских красных пород с красным белорусским скотом выявлены гены U6 и RNF130, с бурой швицкой — SYT10, DBX2, NELL2, LAP3, LYN. Выявленные гены связаны с жирнокислотным составом молока, показателями молочной продуктивности, фертильности и экстерьера.
Оценка ROH показала наибольшую величину гомозиготности у бестужевской, далее — красной горбатовской и суксунской пород. Минимальные значения получены для красного белорусского скота, что связывают с активным использованием англерских и красных датских быков. Анализ неравновесия по сцеплению (LD) показал, что красная горбатовская порода имеет средний уровень инбридинга, схожий с суксунской. Для бестужевской породы характерна наименьшая величина LD, что указывает на сравнительно низкую инбридированность и более высокий эффективный размер популяции.
Важно! Подтверждённая уникальность красной горбатовской породы и её отличие от других красных пород делают её ценным объектом для включения в общую референтную популяцию: объединение данных нескольких пород может ускорить геномную оценку племенной ценности для малочисленных популяций, где создание собственной референтной группы затруднено.
Справка: В сравнительный анализ вошли: красный белорусский скот (n=20), голштинская чёрно-пёстрая (n=17) и красно-пёстрая (n=4), красная датская (n=6), красная степная (n=29), суксунская (n=7), дополнительно бестужевская (n=27), бурая швицкая (n=22), белоголовая украинская (n=11). Ранее в исследованиях эффективный размер популяций оценивался: бестужевская — 113, суксунская — 84, красная горбатовская — 79.
Выводы
Авторы заключают, что красная горбатовская порода обладает аллельной специфичностью и отличается от других красных пород. Полученные результаты лягут в основу создания единой референтной популяции скота красного корня России и Беларуси. Дальнейшее исследование породы, по мнению учёных, внесёт существенный вклад в её сохранение и селекционное развитие.
🔗 Источник: Аграрная наука
Ранее по теме
- От сурового Севера до премиальных ферм: как уникальная генетика якутской коровы становится стратегическим активом российского АПК
- От проверки родства к управлению продуктивностью: как геномный центр «Мираторга» становится инфраструктурным хабом для всего российского животноводства
- От датских закупок к собственной генетике: почему создание белорусской красной породы коров перестало быть просто научным проектом и стало вопросом продовольственной безопасности